Bij een voedselallergie zoals bijvoorbeeld koemelkallergie bij volwassenen worden de klachten veroorzaakt door een reactie van het afweersysteem op bepaalde eiwitten, de zogenaamde allergenen. Bij een voedselintolerantie, zoals lactose-intolerantie, is het afweersysteem niet direct betrokken, maar klachten worden veroorzaakt door een tekort aan bepaalde enzymen. Bij lactose-intolerantie produceren de darmen (te) weinig van het enzym lactase om lactose goed te kunnen verteren. Hierdoor kan je buikklachten krijgen. Mensen met lactose-intolerantie kunnen vaak wel kleine hoeveelheden lactose verdragen maar dit kan per persoon erg verschillen.
Verschillende oorzaken kunnen ten grondslag liggen aan lactose-intolerantie. Een eerste oorzaak ligt in de lactase-aanmaak in verschillende levensfases. Baby’s maken in het begin van hun leven meer lactase aan om de grote hoeveelheden melk te kunnen verteren. Vanaf het derde levensjaar neemt de productie van het enzym lactase in de darmen af en kan lactose-intolerantie zich ontwikkelen. Lactose-intolerantie bij baby’s komt dus minder vaak voor dan bij volwassenen. Ten tweede kan (tijdelijk) de lactase-aanmaak verstoord worden door een darmprobleem, zoals bijvoorbeeld een darminfectie. Ten derde kan lactose-intolerantie aangeboren zijn.
Lactose-intolerantie komt minder voor bij West-Europeanen en meer voor bij mensen die afkomstig zijn uit bijv. Azië en Afrika. Dit komt mede doordat West-Europeanen gewend zijn om ook als volwassenen melk te blijven drinken, waardoor de aanmaak van lactase blijft.